Zusammen mit anderen baltischen Staaten stellte Estland 1995 einen Antrag auf den EU-Beitritt. Die Beitrittsverhandlungen waren im Dezember 2002 auf dem EU-Gipfel in Kopenhagen abgeschlossen. In einer Volksabstimmung am 14. September 2003 sprachen sich 67% der Wähler für den EU-Beitritt aus, wobei die Wahlbeteiligung bei 64% lag. Am 1. Mai 2004 ist Estland offiziell der Europäischen Union beigetreten. Im Rahmen des Schengener Abkommens, an dem das Land seit 2004 teilnimmt, sind am 21. Dezember 2007 die Grenz- und Passkontrollen zwischen Estland und den meisten europäischen Staaten weggefallen.

 
In der EU gehört Estland zu den Nettoempfängern. Estlands Beitragszahlungen an die EU sind um etwa 150 Millionen Euro niedriger als die Ausgaben der EU in Estland. Seit Juni 2004 beteiligt sich das Land am Wechselkursmechanismus II des Europäischen Währungssystems mit dem Ziel, der Eurozone beizutreten. Es ist dadurch verpflichtet, seine Währung stabil zu halten. Ein Beitritt zur Eurozone ist für den 1. Januar 2011 geplant.

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