Bereits in den 1980er Jahren wurden sich Teile der moldauischen Gesellschaft ihres rumänischen sprachlichen und kulturellen Hintergrunds verstärkt bewusst. Es bildeten sich zwei Gruppierungen heraus: Die eine forderte die Angliederung an Rumänien, die andere bejahte zwar das rumänische kulturelle Erbe, forderte aber eine eigene Staatlichkeit. Nach der demokratischen ‚Wende’ konkurrierten zunächst pro-rumänische, moldauisch-nationale und zusätzlich pro-russische Gruppierungen um die politische Führung. Die ersten Parlamentswahlen von 1994 zeigten aber, dass die Mehrheit der Bevölkerung eine Vereinigung mit Rumänien ablehnte und die nationale Eigenstaatlichkeit Moldaus bevorzugte.

Der Übergang zur moldauischen Eigenstaatlichkeit wurde von zwei weiteren Separationskonflikten überschattet. In einem Fall riefen die Gagausier, ein christlich-orthodoxes Turkvolk im Süden der Republik, im Sommer 1990 eine Gagausische Sozialistische Sowjetrepublik aus. Durch ein 1994 vom moldauischen Parlament verabschiedetes Autonomiegesetz und die Verankerung der Autonomie Gagausiens in der nationalen Verfassung Moldaus 2003 konnte der Konflikt entschärft werden. Seit 1995 steht an der Spitze des Gebiets ein gewählter Gouverneur, der auch der Zentralregierung angehört. 1998 erhielt Gagausien ein eigenes Grundgesetz. Als Amtssprachen wurden Gagausisch, Russisch und Moldauisch festgesetzt.